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它有两套系统。
一套是州、县、乡、里制，由朝廷任命官吏进行治理。
一套是羁縻制，即对游牧部落进行羁縻统治。
随着对农业的开发，在天山以南地区，游牧部落越来越少，州县设立得越来越多。
这似乎有点反直觉，但事实正是如此。
汉化程度较深的西夏，直至南宋初年才开始搞科举。而远在新疆的高昌回鹘，却从其建国之初就一直是科举制。
但随着土地兼并的加剧，这里的科举制越来越流于形式。而且还有沿袭自唐代的举荐和功勋传统，再配合着土地兼并，导致世袭贵族和军功贵族窃取地方权力。
至于脱离群众的摩尼教，甚至很早就自动儒化。
为了加强高昌国王的集权统治，作为国教的摩尼教，主动吸纳大量儒家思想，推崇社会秩序和伦理纲常那一套。
摩尼教被统治者抛弃，佛教在高昌后来居上，整个过程伴随着地方自治加剧。
高昌回鹘和西辽统治时期，名义上还在中央集权，并且通过科举选官。但实际上，却由大大小小的贵族，世袭统治着不同的绿洲区域。
大贵族们因为被李彦仙扣押，再通过军事威胁，勒令他们举家搬迁去宁夏和辽西。
剩下的小贵族已不足为虑，大明直接选派文武官员，就能填补大贵族的政治生态位。再通过科举和小贵族，辅佐汉人官员统治州县。
只有两个地方比较难搞。
一是天山以北，那里主要为羁縻统治。
如今，大明只在彰八里（乌鲁木齐）驻军和移民，暂时并没有实质掌控北庭——北庭那边的部落骑兵，在乃蛮部撤军之后，也逃得飞快没有投降。
二是喀什和龟兹，还需要打几仗。
东喀喇汗国的首都便在喀什，并统治着和田周边区域。
他们一百多年来，屡屡发起圣战，攻打阿克苏地区的龟兹回鹘。大量残害佛教徒，烧毁寺庙和佛经，最终逼迫龟兹回鹘从高昌回鹘独立，并且龟兹回鹘还成为东喀喇汗国的附庸。
顺便一提，高昌回鹘最开始属于双王制。
一个是高昌回鹘王，一个是龟兹回鹘王，他们在名义上共治国家。
耶律大石崛起之后，把东喀喇汗国的大汗，降为喀什噶尔王。因此，东喀喇汗国变成了东喀喇王国，并且成为西辽的附属国。
龟兹回鹘王国也独立出来，直接隶属于西辽。
这两个王国，一个在喀什，一个在库车。前番大战，只象征性派遣军队参与，并没有遭受什么损失，而且真正的大贵族也没来。
接下来几年，大明安西都护府除了巩固统治之外，还要对以下几个地方用兵——
第三，阿克苏、喀什、和田那一大片，足足两个王国不接受大明统治，而且主体宗教已经变成了沙漠教。
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